医院污水处理方式应根据其污水性质和排放条件进行正确选择。当医院污水排到具有污水处理厂的市政污水管道时，在预处理后，可采用一级处理工艺流程以节省工程投资；而当医院污水直接排到水体时，应根据环保部门的有关规定及水体的用途，进行严格的二级处理。另外，医院的排水系统宜做到污水与雨水分流、居住区污水与医疗区污水分流、放射性污水与非放射性污水分流、传染病区污水与其他病区污水分流。